Manju jest wyrobem cukierniczym, który prezentuje niezliczoną liczbę odmian, ale najczęstszą jest warstwa zewnętrzna wykonana z mąki, proszku ryżowego, gryki. Nadzienie to pasta z czerwonej fasoli (prawdopodobnie najczęstszy składnik, który zawierają japońskie słodycze). Inne nadzienia obejmuje krem o smaku pomarańczowym.
Podobnie jak inne słodycze i potrawy ogólnie należące do kultury japońskiej, manju również został zmodyfikowany w wielu regionach Japonii. Manju z Okinawy jest przygotowywane z nadzieniem z fioletowych słodkich ziemniaków, masła, mleka, cukru i soli lub z różnymi rodzajami pasty z fasoli.
Saitama, prefektura na północ od Tokio, ma własne Jumangoku Manju. Zewnętrzna warstwa jest przygotowywana z większą ilością ryżu, nadając mu inną teksturę, a pasta z czerwonej fasoli jest przygotowywana bez użycia skórki fasoli, dzięki czemu jest gładsza. Przygotowanie tego deseru jest częścią tradycji Saitamy od 1945 roku i mówi się, że pozostało dokładnie takie samo po dziś dzień.
Można także delektować się manju z zielonej herbaty z zieloną warstwą zewnętrzną o smaku herbaty. Istnieją też manju przygotowane w kształcie słynnych japońskich liści klonu (momiji) i zostały dosłownie stworzone jako pamiątki. Pod koniec okresu Meiji Takatsu Tsunesuke, producent japońskich słodyczy, został zatrudniony do produkcji słodyczy, które byłyby dobrą pamiątką dla gości odwiedzających japońskie hotele. Znany hotel Ryokan znajdował się w tak zwanej Dolinie Momiji w Miyajima, co zainspirowało Tsunesuke do udoskonalenia Momiji Manju przygotowywanych specjalnie w tym regionie.